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Alexandre Thibodeau, chercheur à la Chaire de recherche en salubrité des viandes de la Faculté de médecine vétérinaire de l’Université de Montréal.

Alexandre Thibodeau, chercheur à la Chaire de recherche en salubrité des viandes de la Faculté de médecine vétérinaire de l’Université de Montréal.

Pathogènes alimentaires : combattre le problème à la source

Il arrive que des animaux en santé transportent avec eux des microorganismes qui, s’ils causent rarement des maladies chez l’animal, peuvent rendre les humains malades. On dit que ces agents sont zoonotiques. C’est le cas des pathogènes alimentaires. Salmonella et E. coli sont les plus connus, mais il y a aussi Campylobacter, Clostridium et des virus. 

On estime que ces pathogènes rendent malades plus de 4 millions de Canadiens chaque année. Ils causent la gastro-entérite avec diarrhée – qui peut être sanguinolente –, des crampes abdominales et de possibles complications à la suite de l’infection. Toutes les productions animales peuvent héberger ces microbes indésirables et les propager par l’entremise de la chaîne alimentaire.

Par exemple, on estime qu’au Canada, les carcasses de poulet sont contaminées à 19 % par Salmonella et à 27 % par Campylobacter. Du côté du porc, 16 % des échantillons issus des marchés sont positifs à Salmonella. Une excellente régie d’élevage et un très haut contrôle de la biosécurité peuvent grandement aider à prévenir leur présence, mais ne sont malheureusement pas une garantie. Il faut donc trouver des solutions complémentaires. 

Avenues testées

Spécialisé dans l’étude de ces pathogènes alimentaires, le laboratoire où œuvre le chercheur Alexandre Thibodeau teste différentes avenues pour diminuer et même éradiquer les pathogènes alimentaires à la ferme, et ce, afin d’éviter que ceux-ci puissent être transmis aux humains par l’entremise des aliments. Le chercheur s’intéresse à l’effet de l’ajout d’huiles essentielles, d’acides organiques ou de probiotiques à l’alimentation des animaux. 

En plus du travail à la ferme, des modèles en animalerie ont été développés, ce qui permet de contrôler l’ensemble des conditions d’élevage des animaux et leur colonisation par les pathogènes alimentaires. Un seul paramètre peut être analysé à la fois.

Écosystème microbien intestinal

Plus largement, les travaux du chercheur concernent l’analyse de l’écosystème microbien intestinal des animaux, c’est-à-dire leur flore digestive. Il faut en effet vérifier comment les « bonnes bactéries » des animaux réagissent aux traitements reçus par leur hôte. 

Le docteur en sciences vétérinaires étudie comment se comportent ces autres bactéries à l’arrivée d’un pathogène alimentaire. Il a pu confirmer, chez la volaille, que Campylobacter s’imbrique très bien dans l’ensemble des autres bactéries. 

C’est sans doute pourquoi il n’a pu, pour l’instant, identifier une solution qui, à tout coup, brise le cycle de colonisation des animaux par ce pathogène alimentaire. Il ne baisse toutefois pas les bras et continue la recherche pour en apprendre plus sur l’interaction de cette bactérie avec l’ensemble de celles de l’intestin d’un animal. L’objectif est de développer des outils pour leur contrôle à la ferme, au plus grand bénéfice de la santé des consommateurs.  

Le microbiote

La flore digestive d’un animal est maintenant nommée microbiote, un terme qui correspond à l’ensemble des microorganismes présents dans un environnement donné. On parle donc de microbiote intestinal, de microbiote oral et même de microbiote de bâtiment. On peut aller au-delà du microbiote et s’intéresser à l’ensemble du matériel génétique d’un environnement donné : c’est le microbiome.

Alexandre Thibodeau, Docteur en sciences vétérinaires