Dans les fermes canadiennes, les antibiotiques sont utilisés pour traiter, prévenir ou contrôler les maladies animales. Si leur usage est encadré par des règlements stricts, une partie des antibiotiques administrés n’est pas métabolisée et se retrouve dans les excréments, qui sont ensuite épandus sur les terres agricoles. Ce mode de gestion contribue à la dissémination de résidus d’antibiotiques dans l’environnement et au développement de bactéries qui leur sont résistantes, un enjeu majeur en santé publique, en économie et en environnement. 

Les pratiques dans les fermes canadiennes

Au Canada, la majorité des déjections animales sont entreposées sous forme solide ou semi-solide. Si des pratiques comme le compostage, le retournement ou la digestion anaérobie peuvent contribuer à réduire la concentration d’antibiotiques, peu de producteurs y ont recours. En 2021, 71 % des producteurs laitiers, 49 % des producteurs de bœuf et 71 % des producteurs de volaille au pays n’avaient appliqué aucun traitement à leurs déjections animales avant d’en disposer. Au Québec, c’est encore moins, avec 80 % des producteurs laitiers et 78 % des producteurs de volailles.

Le compostage peut dégrader certains antibiotiques (par exemple, la chlortétracycline peut diminuer de 90 % dans le fumier de volaille), mais son efficacité varie selon la matrice. De plus, ce type de pratique ne contribue pas à diminuer la présence de bactéries résistantes aux antibiotiques. L’utilisation de traitements adaptés pourrait considérablement réduire la dissémination de ces contaminants.

La bioconversion par les insectes

Une équipe de chercheuses et chercheurs du Centre de recherche en infectiologie porcine et avicole (CRIPA) explore la possibilité d’utiliser des insectes pour valoriser les résidus contaminés par des antibiotiques. La mouche soldat noire (Hermetia illucens) est capable de transformer les déchets organiques, y compris ceux contenant des antibiotiques, en biomasse larvaire (riche en protéines et en lipides) pour l’alimentation animale et en fertilisant (frass). Cette technologie pourrait réduire les concentrations d’antibiotiques, tout en produisant des coproduits à forte valeur ajoutée.

Des études ont montré que les larves de mouches soldats noires peuvent dégrader efficacement divers antibiotiques (par exemple, la ciprofloxacine, la tylosine, l’enrofloxacine), grâce à leur microbiote intestinal, sans contribuer à la sélection de bactéries résistantes aux antibiotiques. Cependant, certaines substances comme l’ivermectine ou la doxycycline peuvent nuire à la croissance des larves ou être accumulées dans les larves, soulevant des questions sur la sécurité des produits finaux (insectes et frass).

Au Canada, la réglementation est relativement souple pour l’élevage d’insectes sur des résidus de type végétal préconsommation. Les producteurs doivent néanmoins démontrer que leurs produits sont sûrs. Cette approche, toujours en phase de développement, offre la perspective d’un traitement décentralisé des fumiers à l’échelle de la ferme, contribuant à la réduction de l’empreinte environnementale tout en générant des retombées économiques.

Pour consulter l’ensemble de la recherche (en anglais), rendez-vous au https://tinyurl.com/rechercheantibio.  

En collaboration avec la Faculté de médecine vétérinaire :