Le Québec occupe une place dominante dans la production de veaux en Amérique du Nord. Le cycle de production commence par le transport des animaux, souvent à un très jeune âge (médiane de 11 jours). Il a également été démontré qu’environ 60 % de ces veaux présentent un déficit de transfert d’immunité passive, ce qui les rend plus vulnérables aux maladies infectieuses. Dans ce contexte sanitaire, les données du Programme intégré canadien de surveillance de la résistance aux antimicrobiens (PICRA) indiquent que l’industrie du veau se distingue par une utilisation élevée d’antimicrobiens, supérieure à celle observée dans d’autres productions animales. 

Depuis environ cinq ans, une augmentation des cas de septicémie associés à des Escherichia coli pathogéniques extra-intestinaux (ExPEC) est observée sur le terrain. Ces
E. coli se distinguent des E. coli entérotoxinogènes (ETEC) causant de la diarrhée et fréquemment retrouvés chez les jeunes veaux. Plus hétérogènes, les ExPEC représentent un défi pour le diagnostic et le traitement. Cette situation est aggravée par le niveau élevé de résistance aux antimicrobiens, qui conduit les vétérinaires et les producteurs vers une absence d’option thérapeutique dans cette filière.

Notre étude rétrospective, réalisée à partir des données du laboratoire de bactériologie (Centre de diagnostic vétérinaire de l’Université de Montréal et Laboratoire de santé animale du MAPAQ), montre qu’entre 2019 et 2025, le nombre d’antibiogrammes réalisés sur des isolats d’E. coli associés à des cas de septicémie bovine a quadruplé. 

Bien que ces données ne reflètent pas directement l’incidence réelle sur le terrain, elles témoignent d’une augmentation marquée des cas soumis aux laboratoires et d’un besoin croissant de soutien diagnostique. La majorité des isolats (80 %) sont non susceptibles à plusieurs classes d’antibiotiques couramment utilisés, notamment la tétracycline, les inhibiteurs de folates et l’ampicilline. 

De plus, la résistance au florfénicol a fortement augmenté, atteignant 75 % des isolats en 2025. La situation est également préoccupante pour les antimicrobiens de catégorie I, comme le ceftiofur et l’enrofloxacine, dont la résistance augmente au cours de la période d’étude, même si plus de 60 % des isolats demeurent susceptibles. Enfin, 8 % des isolats sont panrésistants, c’est-à-dire ne répondent à aucun traitement antimicrobien disponible, ce qui constitue un défi majeur pour la prise en charge clinique.

Séquençage

Afin de mieux comprendre cette problématique, le séquençage génomique de 78 isolats d’E. coli, réalisé au Laboratoire EcL (Laboratoire de référence pour E. coli de l’OMSA), a permis d’identifier trois groupes d’ExPEC qui partagent des caractéristiques communes, associés à la moitié des cas de septicémie. Il est désormais possible de détecter ces groupes par test PCR. 

Ces avancées ouvrent la voie à une meilleure surveillance de la résistance aux antimicrobiens et, éventuellement, au développement de vaccins ciblés. Toutefois, la prévention demeure essentielle : améliorer la prise du colostrum à la naissance, retarder l’âge au transport pour réduire le stress des veaux et renforcer les mesures de biosécurité tout au long de la production sont des actions clés pour protéger la santé des animaux et préserver l’efficacité des traitements disponibles.