Les nouvelles plateformes de séquençage de génome microbien complet, ou de séquençage à haut débit, commencent à s’implanter en diagnostic vétérinaire. Crédit photo : Centre de recherche en infectiologie porcine et avicole

Les nouvelles plateformes de séquençage de génome microbien complet, ou de séquençage à haut débit, commencent à s’implanter en diagnostic vétérinaire. Crédit photo : Centre de recherche en infectiologie porcine et avicole

Nouvelle technologie génomique pour lutter contre le virus du SRRP

Une maladie est souvent perçue comme la résultante d’une seule cause et, dans le cas des maladies infectieuses, on s’attend à ce qu’un seul agent infectieux ou microbe en soit la source. Grâce à l’évolution des technologies d’analyse biologique, il a été démontré depuis plus de 15 ans que les infections respiratoires présentes dans les élevages porcins sont généralement des co-infections, c’est-à-dire des infections issues de différents microbes. 

Or, il devient important pour les chercheurs de vérifier si les dommages sont causés simultanément ou en parallèle par divers microbes, ou par un premier microbe qui attaque ou affaiblit les défenses des porcs, ce qui ouvre la voie à un second microbe. Le choix des stratégies médicales en sera alors modulé.

Les nouvelles plateformes de séquençage de génome microbien complet, ou de séquençage à haut débit, commencent à s’implanter en diagnostic vétérinaire, car cette technologie est désormais abordable et rapide. Concernant le syndrome reproducteur et respiratoire porcin (SRRP), le consensus scientifique de diagnostic pour la surveillance de ce virus cible un unique gène (4 % du génome) pour discriminer le virus de type vaccinal (considéré comme non pathogène) du virus de type sauvage (souvent pathogène).

Des échantillons analysés de nouveau

L’équipe du Centre de recherche en infectiologie porcine et avicole a fait analyser de nouveau des échantillons cliniques conservés dans les congélateurs du Service de diagnostic de la Faculté de médecine vétérinaire de l’Université de Montréal, qui avaient été déclarés positifs pour le virus SRRP. Environ 5,5 % des anciens échantillons ont alors révélé des co-infections avec deux souches différentes du virus SRRP.

Dans certains cas, on y trouvait à la fois un virus de type vaccinal et un autre de type sauvage. L’effet d’une telle co-infection n’est pas connu. Mais il y a une découverte plus fascinante encore. Le séquençage complet a révélé que 5,5 % des virus n’étaient en réalité pas des virus vaccinaux comme précédemment diagnostiqués. Il s’agissait de virus recombinants. Cela veut dire que l’ancien test qui analysait seulement un gène, dans ce cas-ci vaccinal, laissait croire que le troupeau était vacciné, peut-être à tort. 

Dernier résultat important : contrairement aux données issues des anciens tests, il apparaît clairement que les virus SRRP qui infectent le cheptel québécois ont évolué génétiquement durant les dernières années afin d’être très différents des virus vaccinaux. On remarque même que cette évolution tend vers une direction commune des nouveaux virus. L’impact de cette évolution génétique n’est pas encore connu. 

Les points forts de l’étude

Le séquençage du génome complet améliore dans 11 % des cas les résultats qui ont été obtenus avec l’ancienne méthode de classification des souches du virus SRRP. De plus, ce type de diagnostic assure un suivi plus étroit de l’évolution des infections dans un cheptel (co-infections) et constitue un meilleur outil pour valider la présence d’une souche vaccinale dans un porc.